Fundada en la primera mitad del siglo XVI por don Francisco Vago, hijo de Juan de Baeza y Teresa Alonso, fue beneficiado de esta iglesia y camarero servidor del obispo benefactor de la diócesis Don Alonso Suárez de la Fuente del Sauce, constituye uno de los mejores ejemplos de la arquitectura funeraria ubetense.
Terminada en lo constructivo en 1536, debió de acabarse en todos sus detalles hacia 1560.
La portada, plenamente plateresca, presenta una estructura de retablo decorada con un interesante programa escultórico alusivo a la muerte del cristiano como tránsito a la vida eterna.
El arco de ingreso se encuentra flanqueado por pilastras decoradas a base de grutescos.
En la archivolta del arco se lee en letras monacales: Esta Capilla mandó facer el venerable Francisco de Vago, veneficiado de esta Iglesia, criado y Camarero que fue del Ilustrísimo y muy magnífico Señor Alonso de la Fuente del Sauce obispo de Jaén, acabóse el año MDXXXV.
Sobre éste, dos medallones con la representación de la Justicia y la Caridad con inscripciones Virtus justicia, Virtus caritatis.
Sobre cuatro pedestales, las imágenes de los cuatro doctores de la Iglesia, San Ambrosio, San Agustín, San Gregorio y San Jerónimo.
Todo el conjunto se remata con una representación del Purgatorio.
Presenta una buena reja atribuida a Juan Álvarez de Molina, sin que exista documento acreditativo. En la actualidad diversa documentación parece inclinarnos a que el autor fuera el maestro Bartolomé aunque no fuera este el diseñador. La fábrica debió de estar finalizada en 1541. Destaca en ella el anagrama, existente también en la que fuera su mansión (Casa de los Salvajes) con la inscripción FI-SE (¿Fidelis Servus?; ¿Siervo Fiel?).
El interior, que alberga el sepulcro de don Francisco.
Conserva algunos restos de la decoración pictórica mural llevada a cabo, en 1545, por Julio de Aquiles, autor de las pinturas del Tocador de la Reina en la Alhambra de Granada.
En la actualidad se conservan algunos restos de su dorado y de una figura femenina recostada y envuelta en amplios ropajes, la cara vuelta al espectador y el brazo derecho extendido señalando hacia delante.