Las catacumbas de San Ildefonso recorren toda la extensión de la misma, desde los pies hasta la cabecera, formando parte de ellas las criptas de San Ildefonso (Basílica de San Ildefonso. Criptas).
De aspecto laberíntico, tras su última restauración las paredes aparecen repletas de nichos tapiados, que albergan los restos de personas de prestigio de la época, mártires y santos.