- Las portadas laterales del Sol y del Cementerio y una hornacina de la fachada sur son gótico-mudéjar.
- La cubierta de bóvedas es ya del siglo XVI al igual que la remodelación del muro del hastial, el coro, la torre y la Puerta del Perdón, de estilo Manuelino, lo que indica la presencia de alarifes portugueses en la comarca.
- La unión del presbiterio y las naves resulta original formando un seudocrucero.
- La bóveda lateral derecha también es extraña, ya que finge una estructura nervada que vincularía esta iglesia con el arquitecto Hernán Ruiz II o su cohorte.
- Las portaditas almohadilladas que acompañan al presbiterio son del siglo XVII.
- Tras el terremoto de Lisboa Pedro de Silva intervino en la iglesia para arreglar los desperfectos.
- El mobiliario eclesiástico resulta muy interesante, destacando los relieves de San Juan Evangelista y San Martín Obispo, obra de Francisco Martínez y Gaspar de Águila.