Hijo de Antón Becerra, pintor establecido en Baeza y reconocido más allá de los limites del Reino de Jaén, pudo haber conocido a Pedro Machuca cuando este realizaba el retablo de la catedral.
Incluso a él pudo deberse la recomendación de su estancia en Italia, como hiciera con su hijo Luis Machuca.
Sus maestros en Roma, Daniele da Volterra y Giorgio Vasari, quien llegó incluso a citarlo en su libro de Le vite, influenciaron considerablemente su obra, en la que también fue clave la producción de Miguel Ángel.
Su papel como diseñador y la concepción del dibujo como fundamento le permitieron afrontar trabajos de gran monumentalidad, hasta llegar a convertirse en un imprescindible en la corte.
Una de esas obras capitales fue el retablo mayor de la catedral de Astorga (1558).