- En 1241 existía en este lugar un caserío denominado La Bolteruela, dependiente de Huéscar.
- En 1488 los Reyes Católicos reconquistaron la zona de la actual comarca oscense, en el Reino de Granada, estando al mando de la frontera Don Fadrique Álvarez de Toledo, II Duque de Alba.
- En 1495 se ofrecieron estas tierras en señorío a Luis de Beaumont, segundo Conde de Lerín y Condestable de Navarra, el cual trajo a gentes de Navarra, con sus costumbres.
- El 23 de octubre de 1513, tras conseguir Don Fadrique la ocupación del Reino de Navarra, se le dio en señorío este territorio, hecho que no gustó a la población mudéjar, mayoritaria en Huéscar, que era el centro del señorío.
- El malestar hizo que Don Fadrique se refugiara con un puñado de cristianos viejos en La Bolteruela, y que el 9 de noviembre de 1525 le diera su nombre a esta aldea que él mismo hizo prosperar y que repobló con navarros, castellanos y murcianos. La población navarra trajo consigo numerosas tradiciones, como la devoción a las santas patronas Alodía y Nunilón, bailes típicos y apellidos del norte de la península, como Aguirre, Amurrio, Beteta, Egea/Ejea, Irigaray, Ondoño, Pageo/Pajeo, Penalva, Peralta, Sola, Tristante, Tudela, Ujaque y los numerosos Navarro.
- La Puebla sufrió un espectacular crecimiento demográfico desde inicios del S. XVI a pesar de que no se hizo una repoblación ordenada, ni a nivel del rey ni señorial. No se repartieron lotes ni se hicieron suertes de población, lo cual es algo inusual en el contexto del Reino de Granada.
- También es sorprendente su condición de villa poblada por cristianos viejos en su inmensa totalidad, frente al resto de la Comarca de Huéscar donde los descendientes de los naturales nazaríes fueron mayoría hasta inicios del S. XVII. Los pobladores llegaron casi todos de los reinos vecinos (Murcia y Jaén) así como de poblaciones limítrofes del propio reino granadino como Orce, Huéscar (cabeza del señorío como se ha dicho) y los Vélez.
- La tercera gran peculiaridad de la historia de Puebla de Don Fadrique durante la Edad Moderna es la ausencia de conflictividad: una vez superados los movimientos comuneros, la villa no conoció ni las matanzas y batallas que azotaron al resto de la comarca durante la rebelión morisca, ni los sangrientos bandos y luchas entre familias rivales de la cercana Huéscar.
- Ya en el siglo XIX se produjo un notable cambio urbanístico, consiguiendo segregarse de Huéscar y obteniendo el título de villa con su término municipal.
- Hasta 1916, el municipio toledano de La Villa de Don Fadrique tenía el mismo nombre que esta localidad.