- La Colegiata y Con Catedral de Nuestra Señora de Santa María de la Encarnación se construyó en la primera mitad del siglo XVI sobre los restos de la mezquita mayor aljama.
- Hasta pasados varios años de su sacralización tras la conquista de la ciudad por parte de los Reyes Católicos, no se acometieron obras importantes en su adaptación como templo cristiano en el año 1529, entonces se levanta de nuevo bajo un proyecto gótico siguiendo el modelo de la catedral de Murcia.
- En 1531 un fuerte terremoto derriba la mayor parte de lo construido salvándose la cabecera del templo con sus capillas ojivales. Tras el terremoto se encarga un nuevo proyecto de reconstrucción a Alonso de Covarrubias, quien traza un nuevo templo ya renacentista de tres naves con girola y bóvedas de crucería.
- En 1625 se termina la construcción de la sacristía y sala capitular adosada a la cabecera del templo y rematada por una galería con arquillos de medio punto que alberga en su interior interesantes alfarjes, además de presentar en su fachada una hermosa reja de tradición renacentista.
- Tras un nuevo terremoto en 1755 se reconstruye la torre en 1764, reforzando los tres primeros cuerpos de la misma y añadiéndole los dos últimos de planta octogonal en donde se alojan las campanas.
- Su planta está compuesta por tres naves con girola en la cabecera y capillas abiertas tanto a esta última como a ambos lados de las naves laterales.
- El templo posee tres puertas de entrada: la principal, de gran belleza,
atribuida a Diego de Siloé; otra tapiada, a modo de capilla, y una
tercera a los pies, al lado de la torre.
Hasta el siglo XIX tuvo rango de colegiata-concatedral. - En su construcción intervinieron Alonso de Covarrubias, Rodrigo de Gibaja y, posiblemente Diego de Siloé.