- Es el templo cristiano más antiguo de Arjona.
- Ubicado en la alcazaba posiblemente sobre la mezquita aljama de la alcazaba de Aryunna, y en las proximidades de un templo romano del siglo I a.C. y de una iglesia visigótica del siglo VI, en la Plaza de Santa María.
- Cuando Fernando III el Santo conquistó la ciudad, en 1244, consagró la mezquita como Iglesia de Santa María y depositó una imagen de la Virgen en su altar mayor, según su costumbre en cada ciudad tomada.
- Posteriormente se construyó una iglesia gótica temprana, siglo XIII, que sería profundamente remodelada en el siglo XVI en estilo isabelino.
- Su planta siguió el modelo franciscano: una sola nave con crucero de brazos cortos y dos capillas laterales no perceptibles al exterior.
- El altar, con ábside poligonal, está muy elevado.
- Conserva bóvedas góticas.
- Tiene de notable, la sencilla portada renacentista, que estaba coronada por un elegante bacón o mirador con tres arcos descansando en columnas salomónicas que fue derrumbado por su mal estado en el año 1940, y reconstruido, con más sencillez en las obras de reparación de la iglesia, al año siguiente.
- La fecha grabada por debajo del escudo episcopal, en la clave de la puerta sur, que es el mismo que hay en la torre de San Martín, y es del obispo D. Francisco II Delgado (1566-1576), con el año 1575.
- Hacia 1676 se decidió sustituir la espadaña por una elegante torre que se encargó a Eufrasio López de Rojas, que finalmente no se llegó a realizar por problemas económicos.
- En ella se encuentran los patronos de Arjona San Bonoso y San Maximiliano.
- En la clave del arco de la puerta principal hay una cabeza de rasgos hieráticos, probablemente visigoda o románica temprana, que algunos autores identifican con un Bafomet templario.