La actual Capilla Mayor difiere de la que concibió Marín y Lamas. Han desaparecido los primitivos frontal, altar y tabernáculo, sustituido este último por uno de madera sobredorada decorado con finas rocallas. En su interior alberga una custodia de madera, obra de Salzillo, procedente de la Iglesia de San Esteban de Murcia.
El retablo fingido tiene cuatro pedestales de piedra de las canteras de Mula y columnas, pilastras, capiteles y tímpanos de jaspe. Se remata con una pequeña imagen de vestir de la Inmaculada sobre la que desciende el Espíritu Santo.
Tras el tabernáculo se alza un camarín poligonal que acoge la imagen de vestir de la Virgen de Gracia, del siglo XVIII, decorado con escenas al fresco de tema mariano. Un bocaporte cierra el camarín al exterior, en él aparece representada la Virgen con una peluca blanca, a la moda de la época.
Bajo este camarín, Marín y Lamas mandó construir una celda que albergaba a un religioso para que adorara perpetuamente el Santísimo Sacramento expuesto en el Altar Mayor.