La Alhóndiga era el edificio público (Pósito) donde se guardaba el trigo.
Que la ciudad estuviera abastecida de trigo era la principal preocupación de los caballeros regidores del Ayuntamiento de Andújar, al igual que del resto de ciudades. Estamos ante un alimento fundamental, la falta de pan podía ocasionar alteraciones del orden público.
En 1.606, ante la extrema necesidad y falta de pan y dinero que todas las personas padecen y el hambre de los pobres mendigos que andan de puerta en puerta; los regidores acordaron amasar una fanega de pan todos los días y entregárselos a la iglesia de Santa María para repartírselo a quienes a ella fueran.
Sirvió también de antiguo Cuartel de la Guardia Civil.