- El asentamiento humano en la zona está atestiguado desde el calcolítico, época de la que datan las pinturas rupestres de los abrigos rocosos de sus alrededores.
- Aunque son abundantes los sitios donde se pueden encontrar pinturas rupestres en Fuencaliente, tan sólo es posible llegar cómodamente a los de Piedra Escrita y La Batanera, convenientemente señalizados y protegidos. El resto, distribuidos por la sierra, no cuentan con indicaciones, por lo que no es conveniente llegar hasta ellos si no se conoce bien el terreno.
- Los restos de época fenicia, romana y árabe ponen de manifiesto el conocimiento que de sus apreciados manantiales térmico-mineromedicinales tuvieron esos pueblos, además de yacimientos mineros encontrados en las inmediaciones de la población.
- Las primeras noticias escritas las tenemos del año 1158 cuando se fundó la Orden de Calatrava, y aunque no se cita Fuencaliente, en las descripción que se hizo en 1189 de los límites de la Orden, se cita el Río Jándula, el Valle Mayor (Valmayor), la Cabeza del Pinar (Burcio del Pino), el castillo de Murgabal (Torrecampo) y los ríos Guadalmez y Guadamora.
- Fuencaliente quedó dentro de las tierras de la Orden de Calatrava, luego llamadas Campo de Calatrava, desde la creación de la misma, hasta la división en provincias a principios del siglo XIX, llamándose provincia de La Mancha.
- La fundación de la población data del siglo XIII, estando ligada a la Reconquista, en el año 1369 tuvo lugar la Fundación de la Villa y Priorato de Fuencaliente, cuando el Maestre Pedro Muñiz de Godoy concedió licencia para poblar el término a un fraile de Calatrava que vivía en la ermita, llamado Benito Sánchez. Se llamaba entonces la ermita Santa María de los Baños o de la Fuencalda.
- El Maestre nombró Prior a Fray Benito Sánchez y le concedió licencia para repartir solares, todos los diezmos del término y la facultad para nombrar alcaldes y justicia en la villa, y otorgó a los futuros pobladores ciertas exenciones de impuestos.
- A finales del siglo XIV Fuencaliente era un importante lugar de peregrinación, como se recoge en documentos de la Catedral de Córdoba.