- Su actividad se remonta al siglo IV a. C., aunque con distinto emplazamiento.
- Ha sido testigo de importantes acontecimientos históricos, como la salida de los moriscos de Elche tras su expulsión en 1609, y la visita de la Escuadra Real en la que viajaba Alfonso XII en 1877.
- El puerto actual data de 1911, cuando se amplió el dique destruido por un temporal en 1909, construyéndolo con 169 de largo y 40 de ancho.
- Éste, sin embargo, seguía siendo insuficiente, por lo que en 1931 se amplió 487 metros más.
- En 1953 se emprendió la configuración definitva del puerto a petición de los pescadores, con la construcción de un contradique de escullera (552 m) y la prolongación en 198 m del dique anterior, obras que acabaron en 1966.
- A partir de entonces se intensificó el uso turístico, inaugurándose en 1980 el Club Náutico de Santa Pola, ante el cual había 550 amarres.
- En la década de 1990 la Generalidad Valenciana lo amplió, construyendo un pequeño espigón en medio del puerto, sobre el que se dispusieron 434 amarres nuevos.
- Sus principales actividades son la pesca, el turismo y la exportación de sal.