- El edificio se edificó sobre el Castillo - Arco de Bezudo, y con las piedras de este
- Durante los siglos XVI al siglo XIX, el edificio estuvo destinado a albergar la sede del Tribunal de la Inquisición de Cuenca y Sigüenza.
- Los Reyes Católicos decidieron introducir la Inquisición en Castilla y reclamaron a Roma la bula que autorizase el funcionamiento de dicha institución en el territorio castellano.
- El asentamiento de la Inquisición en Cuenca tuvo lugar en 1489.
- Sin embargo, no será hasta la cesión del Castillo por Real Cédula de Felipe II, en 1574, cuando se inicien las obras que tendrán como consecuencia la edificación de la Cárcel y Tribunal y su ocupación por los inquisidores, desde 1583.
- En el edificio construido para tales fines se plasmó el programa ideológico de la Inquisición.
- Los arquitectos tuvieron libertad para construir con las únicas limitaciones del espacio del solar y económicas.
- Se construyó el edificio que se quería y se necesitaba, sin tener que aprovechar estructuras preexistentes.
- Por ello, el edificio se convierte en un documento histórico de gran importancia, puesto que se mantienen, en la actualidad, espacios tal cual se construyeron.
- Ubicado en lo más alto de la ciudad, los inquisidores ocuparon un lugar permanente en la mente de los ciudadanos, y aún de las autoridades, civiles y eclesiásticas.
- A lo largo del siglo XVII tuvo lugar un debate acerca de la idoneidad del lugar elegido y la edificación del Tribunal en esta parte alta de la ciudad, que no tendrá mayores consecuencias que el edificio siga donde estuvo inicialmente.
- Los delitos contra los que actuó la Inquisición se plasmaron en la cantidad de personas que sufrieron pena de cárcel.
- El Tribunal perseguía, sin diferenciar condición social.
- Los intelectuales de los siglos XVII y XVIII destacaron en la nómina de encarcelados.
- Uno de aquellos fue Diego Matheo López Zapata (1664-1745): Médico y filósofo murciano, condenado por el Tribunal de Cuenca y prisionero en este edificio algo más de un año. Este intelectual que tuvo una participación activa en las controversias médicas que hubo en España, desde mediados del siglo XVII hasta bien entrado en siglo XVIII, quedó magníficamente retratado por Francisco de Goya en uno de sus grabados: Zapata, tu gloria será eterna.
- Hay un soneto conservado en la pared de una de las celdas del edificio de la Inquisición de Cuenca, atribuido a un preso judaizante de principios del siglo XVII:
Es tan grande mi pena y sentymiento
en esta prisión triste y rigurosa
ausente de mis hijos y mi esposa
que de puro sentillo no lo siento.
Oh, si llegase presto algún contento,
oh, si cansada ya la ciega diosa,
conmigo se mostrase más piadosa,
poniendo treguas a tan gran tormento.
Más, ay, que mi esperanza entretenida,
consume el alma en tan larga ausencia,
adonde está aresgada honra y vida.
Más yo confío en Dios que mi conciencia
está tranquila aunque afligida,
al menos, reconozcan mi ynocencia.
en esta prisión triste y rigurosa
ausente de mis hijos y mi esposa
que de puro sentillo no lo siento.
Oh, si llegase presto algún contento,
oh, si cansada ya la ciega diosa,
conmigo se mostrase más piadosa,
poniendo treguas a tan gran tormento.
Más, ay, que mi esperanza entretenida,
consume el alma en tan larga ausencia,
adonde está aresgada honra y vida.
Más yo confío en Dios que mi conciencia
está tranquila aunque afligida,
al menos, reconozcan mi ynocencia.
- Los hechos que sucedieron en la ciudad durante la Guerra de la Independencia (1808-1814), incluida la actuación del Empecinado no pasaron de largo por la sede del Tribunal.
- Los reparos en el edificio fueron necesarios y en ese sentido se actuó, aunque el final legal de la Inquisición en España estaba cerca.
- Suprimido el Tribunal de Cuenca, el edificio fue nacionalizado y se subastó en 1862.
- A lo largo del siglo XIX se sucederán varias reformas de la cárcel.
- Tal como ocurrió en el siglo anterior, se constata otra gran reforma encaminada a su mantenimiento como prisión, realizada en el año 1950.
- Se mantuvo su función carcelaria hasta el año 1972 como prisión provincial, acabando muy deteriorado en su estructura tras su abandono.
- Unos años después, surgirá la necesidad de buscar un espacio nuevo para el Archivo Histórico Provincial, que se encontraba ubicado en la Casa de Cultura.
- En el año 1985 se inician los trabajos encaminados a la rehabilitación de la antigua cárcel, con destino a Archivo.
- Fue inaugurado el día 6 de mayo de 1991 por el ministro de Cultura Jordi Solè Tura.
- Los autores del proyecto arquitectónico, Enrique Álvarez-Sala Walther y Carlos Rubio Carvajal, aplicaron técnicas puramente reconstructivas, resultando un edificio que se inserta perfectamente en el caso histórico de la ciudad.
- El edificio actual fue declarado Bien de Interés Cultural en noviembre de 1997, teniendo, por tanto, una protección singular según establece la Ley 16/1985, de 25 de junio, de Patrimonio Histórico Español.
- En el año 2007 fue premiado como la mejor obra rehabilitada en Castilla-La Mancha en los últimos veinte años.