En su interior existe un óleo del pintor Rafael Hidalgo de Caviedes y la magnífica talla del Cristo expirante obra del escultor Jacinto Higueras, a cuyos pies, en el presbiterio, se instaló una lápida de mármol con el siguiente epitafio:
A la buena memoria del Excelentísimo y Reverendísimo señor Don Manuel Basulto y Jiménez obispo de Jaén que apresado en su casa por los marxistas encarcelado en su iglesia catedral y conducido a Madrid en un tren de presos antes de llegar a la capital postrándose de rodillas y bendiciendo a sus impíos ejecutores, fue inicuamente fusilado. Piadoso, afable, sabio, elocuente vivió LXVII años de su consagración XXVII recibió público y solemne homenaje fúnebre en la ciudad de su título episcopal el día X de marzo de MCMXL sus restos fueron depositados en esta cripta de su iglesia en espera de la resurrección de la carne.