Junto al mercado o zoco –cuya figura del almotacén (al-Mutasib) pervivió en la villa como herencia árabe muchos siglos– se situaba la mezquita aljama, que se intuye pudo ocupar el lugar de la Iglesia Parroquial.
Excelente muestra de la arquitectura del renacimiento jiennense. Se le atribuye al arquitecto Alonso Barba, discípulo de Vandelvira.
La fábrica del último tercio del XVI y primeros años del XVII en torno a 1602, sufrió añadidos en el XVIII.
Se levantó sobre el viejo templo medieval, que a su vez se piensa que fuera la sacralización de la mezquita mayor o aljama de la medina islámica.
De planta casi cuadrada.
Cuatro grandes pilares la dividen en tres naves, dejando la central más ancha, cubiertas por bóvedas de aristas y vaídas, con motivos manieristas.
La capilla mayor se cubre con una cúpula de media naranja sobre pechinas con las armas del prelado Sáncho Dávila.
Sacristía barroca que guarda interesantes cajoneras de madera labrada.
El coro barroco es del siglo XVIII, con sillería tallada.
Guarda los famosos termos de San Fernando.
Tiene una valiosa colección de orfebrería eucarística, como una custodia del siglo XVI.
Y sus famosos ternos del siglo XVI bordados en Baeza.
Conserva un completo archivo parroquial.
La portada principal data del siglo XVIII y tras ésta se abre la original de estilo renacentista con añadidos en 1779.
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