Fernando Álvarez de Toledo murió en Tomar, localidad próxima a Lisboa, el 11 de diciembre de 1582, a la edad de setenta y cuatro años. Sus restos fueron trasladados inicialmente a Alba de Tormes, donde fue enterrado en el convento de San Leonardo. En 1619 fueron trasladados al Convento de San Esteban, en donde desde 1983 reposan en una capilla del convento.